两只实习小潜水艇阿力和贝贝在人类教练道哥的指导下，开始在神秘莫测的深海里执行巡逻任务。每天他俩都努力完成教练布置的各项任务，期待着有一天能够从实习生晋级为科研潜水艇。实习过程中，他们常常遇到各种险情，比如，教练道哥被卡在深海海底岩缝中，偶像德叔发动机发生故障掉进岩石里，飞机苏喜被浓雾围困等待紧急救援。除了危机四伏，两个小伙伴也遇到了很多有趣的狼狈场面，搬运海参时被喷了一身稠糊糊的黏液，运送电鳗被电击得到处乱窜，而费好大劲建好的停靠站轰然倒塌变回一堆零件。阿力和贝贝的两个好朋友——水下脚踏车石头和他身上的寄居蟹布丁，也时不时地给阿力和贝贝帮倒忙。困难危机一次次考验着四个小伙伴的智慧和胆量，在战胜困难的过程中，他们增长了知识，积累了经验，增进了友谊，学会了合作，懂得了爱与勇气能够战胜内心的恐惧，也明白了只要肯努力，梦想终会成真。