The Bourne Supremacy重新回到了专业间谍杰森·伯恩的谍影重重的世界里。虽然伯恩现在隐居在某个不知名的小地方,但是他过去的生活的一点一滴仍然像恶梦一样困扰着他。他虽然不再寻找过去的生活,但是他的过去却找上了他——中国的某个重要外交官员被残忍的谋杀,凶案现场留有一张电话卡,经查证是属于伯恩的。 于是中央情报局找上了他,虽然CIA知道伯恩其实是无辜的,但是仍然要求伯恩为他们找到真正的凶手。伯恩只得重新回到以前的间谍生涯里,面对来自各方面的敌人和朋友:中央情报局,CIA之中的叛徒,还有其他一心想要了解伯恩过去的人,还有来自各方的不知道究竟是敌人还是盟友的组织……