The Bourne Supremacy重新回到了专业间谍杰森·伯恩的谍影重重的世界里。虽然伯恩现在隐居在某个不知名的小地方，但是他过去的生活的一点一滴仍然像恶梦一样困扰着他。他虽然不再寻找过去的生活，但是他的过去却找上了他——中国的某个重要外交官员被残忍的谋杀，凶案现场留有一张电话卡，经查证是属于伯恩的。 　　于是中央情报局找上了他，虽然CIA知道伯恩其实是无辜的，但是仍然要求伯恩为他们找到真正的凶手。伯恩只得重新回到以前的间谍生涯里，面对来自各方面的敌人和朋友：中央情报局，CIA之中的叛徒，还有其他一心想要了解伯恩过去的人，还有来自各方的不知道究竟是敌人还是盟友的组织……..