艾伦·克劳斯是一位出自“绊脚石”计划升级版“结果”行动的超级特工，在科技的帮助下体能和智能都超越伯恩。艾伦因伯恩事件受到牵连被迫逃亡，引出了所有中情局特工计划的幕后黑手。“结果”行动，结合了现实中美国特工的秘密研究，包括如何打造超级士兵的组织DARPA（Defense Advanced Research Projects Agency）。DARPA与药物公司、医学研发人员、硅谷等，一同把士兵打造成超级战士，另其在体格、忍毒和睡眠恢复能力上有所提升，艾伦·克劳斯就是这种能更快痊愈和学习的特工，是新一代升级版的伯恩，伯恩开始的事情，将有艾伦来完结。艾伦在逃亡的路上结识了负责特工实验的医学研发人员蕾切尔·薇姿，二人将一起躲避中情局的恐怖追杀。

国家研究评估中心的政府后防机构主管，也被CIA推荐管理所有计划。《谍影重重4》的故事跟上一集电影发生在同一时间，当伯恩揭开“绊脚石”计划真相时，中情局的整个特工计划都受到了震荡，从来就不止伯恩一个秘密特工，“绊脚石”计划也不过是中情局庞大特工计划的冰山一角。为了掩盖事实的真相，特工计划主席拜亚首次出现在观众的视线之中，他下达了更加致命的命令，决定清除各地隐藏和特训的秘密特工，以绝后患。拜亚是《谍影重重》系列中首次出现的新面孔，恰恰是前三部电影中不为观众所知的幕后主脑，他就是那个设计了所有计划的人，过去12年中他一直坐在中情局背后监视着一切。终极反派表情狡诈，自己操控的棋盘中，漏掉了一枚棋子，他将不择手段的去追杀漏网之鱼。

玛泰所在的FBI药物研究部门，正是研发出使艾伦变为超级特工的药物的组织，在“绊脚石事件”以后，部门长官们决定放弃该情报部门执行特殊事件的所有特工，以及制造控制这些优秀特工所用的药物的科学家，企图销毁证据，而玛泰和艾伦，则是这场销毁劫杀中的幸存者。薇兹创造了艾伦，也亲手创造了自己逃亡的起因。二人在逃亡中暗生情愫，成为一对亡命鸳鸯。