自从玛莉（Cherie Lunghi 饰）和柯林（Leigh Lawson 饰）第一次在密塞威特庄园中发现秘密花园已经好几十年了，如今他们夫妇俩将庄园改成了战争孤儿的家园。玛莉为了和人在国外的柯林团聚，她将这群孩子交给管家马莎（Joan Plowright 饰）和工友（George Baker 饰）照顾，玛莉并将秘密花园的钥匙一并交给了马莎，但是这道门无论如何不能进去的秘密始终让这阴险可怕的女人好奇。
12岁大的莉奇（Camilla Belle 饰）是个充满热情活力的小女孩，她从美国来到约克郡寻求新生活，并立刻和同样是孤儿的罗伯（Aled Roberts 饰）、史提芬（Justin Girdler 饰）和葛瑞丁（Florence Hoath 饰）成为死党。充满好奇的莉奇不断问著秘密花园的事，而马莎对墙外的东西存著一份异常的恐惧，始终不让孩子们越雷池一步。莉奇当然绝不听从这种命令，她在深夜里带著偷来的钥匙来到花园，并闯入了这个神秘之地。她发现自己身处在悲伤的回忆中，一些过去美好而如今已渐渐死去的事物。为了重回过去的繁华不能只靠小女孩一个人，它需要所有密塞威特庄园的人们用尽爱的力量才能使它继续繁盛下去。