非常小特务3海报这一回，聪明勇敢的卡门（阿丽夏·潘娜维加 Alexa PenaVega 饰）遭遇到了前所未有的危机，她的精神被一位疯狂的玩具制造商（西尔维斯特·史泰龙 Sylvester Stallone 饰）困在了他一手制造的虚拟游戏世界中。为了救出卡门，朱尼（达里尔·沙巴拉 Daryl Sabara 饰）英勇的挺身而出，他加入了一个以攻略此游戏为目标而组建的游戏测试小组之中，这里汇聚了很多和他一样厉害的孩子们。进入了虚拟的世界，朱尼不仅要面对游戏中一个又一个古怪而又艰巨的关卡任务，更得时时留意幕后黑手玩具制造商所分裂出来的五种迥然不同的人格。最终，在祖父（里卡多·蒙特尔班 Ricardo Montalban 饰）和朋友们的帮助下，朱尼是否能够战胜强大的对手，救回卡门呢？
