影片发生在400年后的未来，疾病在地球人中蔓延，唯独没有进入一处高墙深围的，由一群科学家统治的，名叫“布列尼亚”的城邦。一场突如其来的病毒消灭了地球上的绝大多数人，残存的人类为避免病毒的威胁，不得不退居到一个与外界完全隔离的城市，在这里被称为Bregana的孤岛中，人类不得不通过一代又一代的复制而长期存活于世上，但他们本身却一直被隐瞒了真相，对此浑然不知。故事主人公Aeon Flux（查理兹·塞隆饰演）是一个具有超能力的女战士，她受地下组织的委托，受命杀死集权统治者，并揭示一个秘密的世界。