矢志田是一家强大日本企业的负责人，金刚狼在几十年前救了他一命，是他的恩人。在临死前，他召来金刚狼，表面上是要回报他，实际却藏着不可告人的阴谋。矢志田的黑暗秘密将让金刚狼面临一场从未经历过的战斗。

矢志田市朗的治疗师，变种人。真实身份是听命于市朗的恐怖份子。她在金刚狼身上放了一只能抑制自愈能力的生物机械，最后她在跟雪绪的对战中败北。

矢志田信玄，矢志田的儿子，一名熟练的武士。他的动作牵连一连串的事件，将永远改变罗根以及矢志田家族的命运。

原田是忍者大师，以及黑色联盟的神秘头领。他童年与真理子的关系，让他成为一个令人隐忧的盟友，或者说是一个致命的对手。

琴·葛雷是个会念力的变种人，也是罗根逝去的爱。罗根与琴过去在X战警时，两人间的关系，对他这趟日本的旅程有巨大的影响。

罗根踏上日本，开始了他最不可思议的旅程。在那里，他要对抗日本武士以及危险的罪犯们。但他最大的战争，还是他内心的挣扎，他对自身的超能力产生疑虑，并努力去寻找金钢狼心底的人性。

雪绪是矢志田收养的孙女。同样是变种人，可以预见人的死亡。受过武术训练的她，与罗根一起救真理子，对抗黑暗势力。

矢志田真理子是信玄的女儿，矢志田大师的孙女。罗根在刺杀行动中救出真理子之后，对她逐渐产生了感情，即使她已与一个强大的政治人物有了婚约。